第三方冷库企业在实施WMS系统时常见的挑战可以从多个方面进行分析，结合我搜索到的资料，具体如下：

1. 人工操作效率低下与库存管理问题

第三方冷库企业在实施WMS系统前，通常面临人工操作效率低下的问题。例如，人工出入库管理效率低下，容易出错，导致库存数据不准确，影响企业运营决策。此外，库存管理复杂，库存准确性不高，容易出现缺货或积压现象。

2. 系统集成与技术适配问题

WMS系统在极端环境下的稳定性要求较高，例如硬件需耐受低温环境，软件界面需适配低温作业人员的手套操作。此外，WMS系统需与ERP、TMS、温控平台等系统无缝对接，形成数据闭环，这对系统集成能力提出了较高要求。

3. 系统实施与流程优化挑战

实施WMS系统面临诸多挑战，包括数据准确性、系统集成、流程优化、员工培训、系统扩展性、供应商选择、定制配置、测试验证、项目管理、系统可靠性及投资回报率计算等。此外，系统实施过程中可能遇到的陷阱包括忽视硬件配置、语言障碍、员工流动、流程改进不足等问题。

4. 温度与环境控制问题

冷链物流对温度控制要求极高，WMS系统需具备实时监控和控制能力，以防止货物变质。此外，冷库作业环境复杂，如低温环境下的操作效率和设备稳定性也是挑战。

5. 组织与人员管理问题

员工培训不足、员工流动频繁、对新系统的接受度低等问题也可能影响WMS系统的实施效果。此外，部分企业可能因缺乏有效的信息化手段，导致仓库作业监控和管理难度大。

6. 成本与投资回报问题

实施WMS系统需要较高的初始投资，包括硬件、软件、培训和系统集成等成本。企业需评估投资回报率，并制定合理的实施策略。

7. 流程与系统适配性问题

部分WMS系统可能无法完全适配企业的业务流程，导致系统与实际操作脱节，如存储位置分配问题、系统配置不合理等。

第三方冷库企业在实施WMS系统时，面临的挑战涵盖技术、管理、流程、人员、成本等多个方面。为成功实施WMS系统，企业需进行充分的规划、系统集成、员工培训、流程优化和持续改进，以实现冷库作业效率提升、货损率降低等目标。